追記（2020年10月15日）
2020年10月時点での政府見解では学術会議の会員任命拒否をできる根拠は憲法15条とのことなので、国家公務員ではない国立大学学長は任命拒否できない理屈になりそう。
「どう考えても憲法論としては乱暴な理論。丁寧な説明とは到底言い難い」。早稲田大の長谷部恭男教授は６日、国会内での記者会見で、こう批判した。
憲法１５条は公務員の任免は国民の権利と定める。間接民主制の下で行政府のトップに立つ首相は公務員を任命したり、任命しなかったりできると説明するために、内部文書はこの条文を持ち出した。
本文
菅首相がいきなりやらかした学術会議会員候補の任命見送り問題。
digital.asahi.com
菅首相の言い分は以下のとおり
この中で菅総理大臣は、「日本学術会議」が推薦した新たな会員候補の一部の任命を見送ったことについて、「法に基づいて、内閣法制局にも確認の上で、学術会議の推薦者の中から、総理大臣として任命しているものであり、個別の人事に関することについてコメントは控えたい」と述べました。
そして、「日本学術会議は政府の機関であり、年間およそ10億円の予算を使って活動しており、任命される会員は公務員の立場になる。人選は、推薦委員会などの仕組みがあるものの、現状では事実上、現在の会員が自分の後任を指名することも可能な仕組みとなっている」と指摘しました。
そのうえで、菅総理大臣は、「推薦された方をそのまま任命してきた前例を踏襲してよいのか考えてきた。省庁再編の際に、必要性を含め、在り方について相当の議論が行われ、その結果として、総合的、ふかん的な活動を求めることになった。まさに総合的、ふかん的な活動を確保する観点から、今回の任命についても判断した」と述べ、今後も丁寧に説明していく考えを示しました。
一方、菅総理大臣は、昭和58年の参議院文教委員会で、政府側が「形だけの推薦制であって、学会の方から推薦をしていただいた者は拒否はしない、そのとおりの形だけの任命をしていく」と答弁したことについて、「過去の国会答弁は承知しているが、学会の推薦に基づく方式から、現在は、個々の会員の指名に基づく方式に変わっており、それぞれの時代の制度の中で法律に基づいて任命を行っているという考え方は変わっていない」と述べました。
（NHK News Web: 菅首相 学術会議の任命見送り「学問の自由とは全く関係ない」 より）
この件に関して、私は田中優子法政大学学長の声明に賛同する。
www.hosei.ac.jp
この件は日本学術会議という私からすると縁遠い組織の話であるが、もう少し身近なところに、この構図と似た話があるのが気になる。それは国立大学の学長任命に関する話。国立大学法人法に以下のように定められている。
第十二条 学長の任命は、国立大学法人の申出に基づいて、文部科学大臣が行う。
（国立大学法人法より）
現在、東京大学の学長選考で学内での選考方法に問題があるんじゃないかという話はでているが、それは別の話として、今回の学術会議新会員の任命について政府の論法が通るならば、今後、国立大学長の任命は政府の自由自在になるのではないかと懸念する。
一応、既にこの件については当時の政府は文部科学大臣は基本的に任命を拒否できないという認識を持っている。
～略～
これに対し国は、国立大学法人法や閣僚の国会答弁などを根拠に大学の自主性や自律性を尊重するため、学長は、学内の選考機関による選考を経た後に文科大臣が任命する仕組みとし、学長任命については選考手続きに形式的な違法性があるか、明らかに学長の資質を満たさない場合を除き、「国が（任命を）拒否することはできない」と主張。高知大の選考は学内諸規則に抵触していないとの見方から学長任命は適法であるとした。
～略～
（新首都圏ネットワーク：『高知新聞』2009年4月11日付 高知大学長選 国「任命拒否は自治侵害 高知地裁口頭弁論 手続き違法性否定 より）
上の記事の国会答弁と思われるもの。
「文部科学大臣は、大学の申出に法的に拘束をされて、例えば所定の手続きを経ていないとかの申出があった場合に、あるいは学長に誠にふさわしくない著しい非行がある、申出に明白な形式的違反性がある、そういう違法性があるというような場合、明らかに不適切と客観的に認められる場合、これを除いては拒否することができない」（2003年5月29日参議院文教科学委員会における河村建夫副大臣答弁）。
（中富公一: 国立大学法人による学長選考と文部科学大臣の学長任命権 ― 高知大学学長任命処分取消訴訟を素材として―, 岡山大学法学会雑誌, 第60巻, 第1号, 2010年8月（PDF）より孫引き）
けれども、今回の学術会議の新会員任命見送りについても1983年の国会答弁で、当時の中曽根康弘首相が「政府が行うのは形式的任命にすぎない。学問の自由、独立はあくまで保障される」と述べているのにも関わらず、やらかしているので何の担保にもならないと考える。
学術会議の新会員任命見送り容認は国立大学学長任命見送り容認につながっている。
おまけ：2020年東大学長選考
消去されたのは、選考会議が９月７日に、藤井氏を含む３人に総長候補を絞り込んだ際の非公開のやりとり。別の有力候補を恣意（しい）的に外したのではないかとの批判が学内から出ていた。
